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一种基于宏基因组模拟数据的生物标志物筛选方法
  • ISSN号:1002-1302
  • 期刊名称:《江苏农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q789[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心,山东青岛266101, [2]中国科学院大学,北京100049
  • 相关基金:国家自然科学基金(编号:61103167)
中文摘要:

鉴于生物圈中微生物资源的巨大开发潜力以及测序技术不断发展,宏基因组学研究的不断深入,微生物群落已经被看作一个整体来进行分析并且已经得到广泛应用。然而由于微生物的多样性以及微生物菌群的复杂性,使得精确确定和定量宏基因组数据中的分类单元成为宏基因组数据分析的难点。已有的宏基因组数据标记分析工具无法解决微生物群落预测结果重现的稳健性、准确性以及处理非冗余标记物方面遇到的问题。笔者提出了一个新的基于宏基因组自助抽样(metagenomic bootstrap)的生物标志物选择方法,它结合了mRMR(minimal redundancy maximal relevance)和自助抽样方法(bootstrapping),可以更加稳健、准确而有效地通过对宏基因组数据的挖掘实现非冗余标记物的筛选。基于模拟数据集,通过其与2种自上而下的方法(Metastats、LEf Se)以及自下而上的方法(Wilcoxon秩和检验)进行对比,表明本方法可以在较高准确率的基础上更加稳健地选择更多的非冗余生物标志物。

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期刊信息
  • 《江苏农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:江苏省农业科学院
  • 主办单位:江苏省农业科学院
  • 主编:常有宏
  • 地址:南京孝陵卫钟灵街50号
  • 邮编:210014
  • 邮箱:jsnykx@vip.163.com
  • 电话:025-84390282
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-1302
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1214/S
  • 邮发代号:28-10
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点期刊奖,全国优秀科技期刊奖,江苏省“双十佳”期刊奖,国家期刊奖提名奖,华东地区优秀期刊,优秀农业期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:38904