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一种衡量基因语义相似度的新方法
  • 期刊名称:计算机应用研究,已录用
  • 时间:0
  • 分类:TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]西北工业大学计算机学院,西安710129
  • 相关基金:国家“863”计划重大资助项目(2009AA01A404); 国家自然科学基金资助项目(60703105); 陕西省自然科学基金资助项目(2007F27)
  • 相关项目:基于图挖掘的蛋白质功能预测算法的研究
中文摘要:

提出了一种新的方法来衡量基因之间的语义相似度。本方法的主要原则是同时依赖于GO拓扑结构图中基因注释项之间的路径长度和基因注释项的公共祖先节点在GO拓扑结构图中的深度。用人工数据和取自酵母基因数据库的基因数据进行了实验,结果表明本方法比传统方法更有效。

英文摘要:

This paper proposed a novel method to measure the semantic similarity between genes.The key principle of this method relied on both path length between genes' annotation terms in the gene ontology and depth of their annotation terms' common ancestor node in the gene ontology.A performance study with artificial data and a set of genes from saccharomyces genome database(SGD) has demonstrated that this method is more effective than traditional methods.

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