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小分子有机化合物与DC-SIGN相互作用的荧光光谱分析
  • ISSN号:1007-7626
  • 期刊名称:《中国生物化学与分子生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q5[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]清华大学化学系,生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室,北京100084, [2]河北邢台学院化学系,河北054001, [3]北京大学生命科学学院,北京100871
  • 相关基金:国家自然基金资助项目(No.20272031)
中文摘要:

采用实验和理论化学研究相结合的方法研究分子间相互作用,这种在计算机上进行“模拟实验”与传统“有机化学实验”相辅相成的研究策略,正在成为有机化学研究的重要手段.本论文利用荧光光谱分析法来研究小分子有机化合物与蛋白底物之间的相互作用机制.利用先进的分子模拟软件,结合分子力学、量子力学和神经网络等方法与分子对接等理论化学手段,建立和优化相互作用的分子间形成复合物的空间构象,并且预测分子间相互作用的稳定性.用荧光光谱分析法对12种小分子有机化合物与DC-SIGN(DC-specific ICAM-3 grabbing nonintegrin)之间的相互作用进行了研究,结果与理论分子模型计算十分吻合.在这12种化合物中,1-脲基氨基甘露糖与DC-SIGN络合的效果最好.这一发现可能对研究新一代抗艾滋病药物有重要意义.

英文摘要:

Chemical experiments in combination with computational technologies have become a powerful tool for drug design and the study of macromolecular interactions. In this study, ligands or inhibitors of DC-specific ICAM-3 grabbing nonintegrin (DC-SIGN) were designed following molecular mechanical and quantum mechanical principles. The stability of oligonucleotide duplexes was predicted according to neutral network (NN) models. In addition, small synthetic molecules of monomannose derivatives and their interactions with DC-SIGN were investigated by fluorescence spectrum (FL) analysis. The results of 12 small molecules that interact with DC-SIGN were all fitted well into the computed theoretical molecular models. Among the 12 compounds analyzed, N-mannopyransosylsemicarbazide was determined to be the best ligand for DC-SIGN binding. Our discovery provided important evidence for novel drug design approaches, and might be particularly used for developing new classes of anti-HIV agents.

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期刊信息
  • 《中国生物化学与分子生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国生物化学与分子生物学会 北京大学
  • 主编:周春燕
  • 地址:北京市学院路38号北京大学医学部
  • 邮编:100083
  • 邮箱:shxb@bjmu.edu.cn
  • 电话:010-82801416
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-7626
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3870/Q
  • 邮发代号:82-312
  • 获奖情况:
  • 被美国《CA》列入世界引用频次最高的《千种表》
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:9731