查干德尔斯钼矿的发现是近年来内蒙古中西部钼矿勘探的最重要成果。对查干德尔斯钼矿床开展流体包裹体研究,结果显示主成矿期辉钼矿-石英-绢云母细脉发育H2O-NaCl-CO2体系的气液两相包裹体和少量含子矿物三相包裹体;次成矿期辉钼矿-石英细脉发育H2O-CO2体系的气液两相包裹体和少量气相包裹体。测温和盐度结果表明主成矿期属于中-高温、低盐度成矿,次成矿期属于中-低温、低盐度成矿,后期有大气水加入,成矿可能因高温富硅热液与大气水混合,因温度、压力、pH、Eh等条件变化,促使流体内含矿物质发生沉淀,充填结晶形成矿床。流体包裹体的H、O同位素表明,矿床H、O同位素值低是由岩浆热液与大气水混合形成,受构造应力影响,热液进入围岩裂隙,物理化学条件变化,使辉钼矿在裂隙中充填矿化。流体包裹体的S同位素研究表明其来源为壳源S,且S同位素值接近酸性岩石中S值,其来源可能属于岩浆岩重熔热液和大气水混合形成。研究认为矿床成因类型属于岩浆后期热液石英脉充填型矿床。