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重建代谢网络及其结构与功能的分析
  • ISSN号:1001-4160
  • 期刊名称:《计算机与应用化学》
  • 时间:0
  • 分类:TP339[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q5[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]池州学院数学与计算机科学系,安徽池州247000, [2]江南大学信息工程学院,江苏无锡214036
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(60474030),安徽省教育厅自然科学基金资助项目(KJ20098233Z,KJ20108133),池州学院引进硕士研究生资助项目(XYK200809).
中文摘要:

文中研究重建代谢网络及分析其拓扑结构与功能。首先,详细介绍用于重建代谢网络的主要数据类型以及相关数据库。然后,介绍重建和精练代谢网络的方法,及重建苏云金芽胞杆菌(Bacillus thurirtgiensis)代谢网络的工作。用代谢物图表示该网络,共830个节点,1132条连线。最后,分析网络的拓扑结构特征,借助代谢网络“蝴蝶结”结构的特征对其予以简化,并从网络的小世界效应、节点度分布和关键代谢物3方面分析其巨强连通体。该巨强连通体的平均路径长度为8.63,节点度分布符合幂律分布,表明它是一个典型的小世界和无标度网络。同时,研究结果表明其关键代谢物均具备重要的生物学功能意义。

英文摘要:

The present paper mainly investigated the reconstruction of metabolic network and its topolosical structural and functional a- nalysis. First, we introduced the basic data and related database for metabolic network reconstruction. Then, we introduced the general method for metabolic network reconstruction and cure, with an example of reconstructing Bacillus thuringiensis metabolic network. In metabolite graph representation, it contains 830 nodes and 1 132 links. At last, we analyzed its global topological properties, we simplified reconstructed network based on its "bow-tie", and we investigated the giant strong component (GSC) from the following aspects : ( 1 ) "small world" phenomena, (2) degree distribution of nodes and ( 3 ) hub metabolites. The average path length is 8.63 for the GSC, and the degree distribution of nodes accords to power, suggesting it is a "small world" and "scale free" network. Mean- while, it suggested that the key metabolites are all with significant biological functions.

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期刊信息
  • 《计算机与应用化学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院过程工程研究所
  • 主编:王基铭
  • 地址:北京中关村北二街1号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:jshx@home.ipe.ac.cn
  • 电话:010-62558482
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-4160
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3763/TP
  • 邮发代号:82-500
  • 获奖情况:
  • 1991年中国科学院优秀期刊三等奖,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,1998年中国科技期刊影响因子工程类第二名,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:9060