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龙眼TIR1和ABP1基因的克隆及其在体胚发生过程中的表达分析
  • ISSN号:0513-353X
  • 期刊名称:园艺学报
  • 时间:2012.2.2
  • 页码:253-264
  • 分类:S667.2[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州350002, [2]福建省亚热带植物研究所,福建厦门361006
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31071787,30471204); 福建省重大科技平台建设项目(2008N2001)
  • 相关项目:龙眼体胚发生过程中miRNA的分离与鉴定
中文摘要:

采用RT-PCR结合RACE法,分离克隆龙眼(Dimocarpus longan Lour.)胚性愈伤组织生长素受体基因TIR1(Transport inhibitor response 1,即DL-TIR1)和生长素结合蛋白基因ABP1(Auxin biding protein 1,即DL-ABP1),运用生物信息学方法对序列进行分析,并通过实时荧光定量PCR法研究其在龙眼体细胞胚胎(以下简称龙眼体胚)发生过程中的表达。结果表明:DL-TIR1为2328bp的mRNA全长序列(GenBank,GQ870264),包含1个长为1761bp的开放阅读框,5′非编码区为118bp,3′非编码区为449bp,推定的氨基酸序列含586个氨基酸,与其它植物TIR1具有85%~57%同源性;DL-TIR1在龙眼体胚的各阶段均有表达,整个变化趋势呈近似"W"状,在子叶形胚中的表达量最高。DL-ABP1为869bp的mRNA全长序列(GenBank,GQ900592),包含1个长为567bp的开放阅读框,5′非编码区为43bp,3′非编码区为259bp;推定的氨基酸序列含188个氨基酸,与其它植物ABP1具有87%~72%同源性,DL-ABP1在龙眼体胚中整个表达变化趋势也呈现近似"W"状。生长素受体DL-TIR1和"可能的"生长素受体DL-ABP1在龙眼体胚中的变化趋势极为相似。

英文摘要:

The RT-PCR with RACE method was used to clone the complete mRNA sequences of the transport inhibitor response 1 gene(DL-TIR1)and auxin binding protein 1 gene(DL-ABP1)from embryogenic calli of longan(Dimocarpus longan Lour.).And bioinformatics methods were used to analyze obtained sequences and putative amino acid sequences.Then qRT-PCR(real-time reverse transcription PCR)method was used to determine the mRNA transcription level of two genes in the process of somatic embryogenesis in longan.The results were as follows:The full length TIR1(DL-TIR1,GenBank,GQ870264)mRNA,about 2 328 bp,consisting of an open reading frame of 1 761 bp,and 5'and 3'untranslated regions of 118 bp and 449 bp,respectively.The putative protein had 586 amino acids,and the identity with the other polypeptides varied between 85%-57%.DL-TIR1 expressed in 8 different stages during somatic embryogenesis,which showed approximately a"W"curve.The full length ABP1(DL-ABP1,GenBank,GQ900592)mRNA,about 869 bp,consisting of an open reading frame of 567 bp,and 5'and 3'untranslated regions of 43 bp and 259 bp,respectively.The putative protein had 188 amino acids,and the identity with the other polypeptides varied between 87%-72%.The expression of DL-ABP1 in 8 different stages during somatic embryogenesis also showed approximately a"W"curve.The mRNA transcription level of the auxin receptor gene DL-TIR1 and the potential auxin receptor gene DL-ABP1 were very similar.

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期刊信息
  • 《园艺学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国园艺学会
  • 主编:杜永臣
  • 地址:北京市中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:ivfyyxb@mail.caas.net.cn
  • 电话:010-68919523
  • 国际标准刊号:ISSN:0513-353X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1924/S
  • 邮发代号:82-471
  • 获奖情况:
  • 第一届全国优秀期刊奖,中国科协第三届优秀期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:43371