位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
草鱼(AG)微卫星标记克隆及特征分析
  • ISSN号:1000-3207
  • 期刊名称:《水生生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q789[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]中国科学院水生生物研究所,淡水生态与生物技术国家重点实验室,武汉430072, [2]中国科学院研究生院,北京100049
  • 相关基金:国家自然科学基金(30771664); 973项目(2009CB118701)资助
中文摘要:

报道了一种简便高效克隆微卫星序列的方法。这一方法的实施步骤包括小片段基因组文库构建、三螺旋捕获、磁珠分离和PCR扫描。草鱼AG重复文库的冗余率为7.2%,富集效率为60.25倍,PCR扫描的准确率达100%,采用这一方法克隆到的AG重复序列中完美型、非完美型和混合型的比例分别为66.87%、17.17%和15.96%,不间断重复序列长度大于30 bp的微卫星座位占51%。34个微卫星座位中有25个表现出多态性,PIC值0.50—0.91,进一步分析表明AG重复序列的多态信息含量(PIC)与不间断重复序列长度相关,不间断重复序列长度大于30 bp的座位表现出丰富的多态性。较高的富集率和有效引物获得率证明此方法在分离草鱼微卫星中的成功应用,并将为草鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。

英文摘要:

A simple and efficient method for isolating microsatellites was described.The approach involves small-insert genomic library construction,triplex affinity capture,magnetic separation,and PCR screen.The redundancy of grass carp(AG)-enriched library was 7.2%,the enrichment rate was 68.8-fold,and the accuracy rate of PCR screening was 100%.In(AG) repeats we obtained,perfect,imperfect and compound type occupied 66.87%,17.17% and 15.96% respectively,and uninterrupted repeat sequences longer than 30 bp accounted for 51%.Polymorphism analysis of 34(AG) repeat sequence loci indicated that 25 repeats of them were polymorphic with 0.50—0.91 PIC.Further analysis revealed that the informativeness of the(AG) repeat sequence loci increased with an increasing number of repeats and uninterrupted repeats longer than 30 bp exhibited abundant polymorphisms.High enrichment rate and informative microsatellites acquisition rate demonstrated the successful application of Triple-Helix-Mediated affinity capture in the isolation of microsatellites in grass carp,and this will build a good foundation for the improvement of breeding lines,genetic diversity detection and genetic map construction in grass carp.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《水生生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中科院水生所
  • 主编:桂建芳
  • 地址:武昌东湖南路7号中科院水生所
  • 邮编:430072
  • 邮箱:Acta@ihb.ac.cn
  • 电话:027-68780701
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3207
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1230/Q
  • 邮发代号:82-329
  • 获奖情况:
  • 湖北省十佳重点期刊,中国农学会中国水产学会优秀科技期刊一等奖,中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21674