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云平台下基因-基因相互作用识别算法
  • ISSN号:1671-5489
  • 期刊名称:《吉林大学学报:理学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP311.1[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]吉林大学计算机科学与技术学院,长春130012
  • 相关基金:国家自然科学基金(批准号:61373051;61175023);吉林省科技发展计划重点项目(批准号:20140204004GX);吉林大学“大学生创新创业训练计划”项目(批准号:2013B53205)
中文摘要:

针对现有的快速方差分析算法进行并行可扩展性改进,设计一种高效的并行计算模型,并提出一种基于MapReduce模型的基因-基因相互作用识别算法MR-ANOVA算法.该算法有效解决了现有基因-基因相互作用识别算法在海量数据规模下普遍存在计算复杂度过高的问题.实验结果表明,该算法充分利用了云平台的并行计算能力,随着数据量的增大,加速比逐渐接近于集群数量,可高效准确地完成基因-基因相互作用的识别.

英文摘要:

The authors proposed an optimized algorithm for detecting gene-gene interactions based on MapReduce model,namely,MR-ANOVA.Compared with the traditional FastANOVA algorithm, this algorithm puts forward the concept of parallel processing during which an efficient parallel computing model is used.This improvement can make the problem of high computational complexities with the large-scale data of the existing algorithms solved.Analyzing results of the experiment,we can draw the following conclusion:MR-ANOVA algorithm can make the best use of the promising power of parallelism computation of the cloud platform.As the scale of the data becomes larger,the speedup is more close to the number of clusters.Thus,this optimized algorithm can detect epistatic interaction more efficiently.

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期刊信息
  • 《吉林大学学报:理学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:吉林大学
  • 主编:裘式纶
  • 地址:长春市南湖大路5372号
  • 邮编:130012
  • 邮箱:sejuj@mail.jlu.edu.cn
  • 电话:0431-88499428
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-5489
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1340/O
  • 邮发代号:12-19
  • 获奖情况:
  • 在吉林省、教育部及全国优秀科技期刊评比中共获奖1...,2008年被评为"中国精品科技期刊", 并获教育部"第...,2009年获全国高校科技期刊优秀编辑质量奖,并被吉...,2008年和2009年连续两次获"中国科技论文在线优秀期...,2010年获教育部"第三届中国高校优秀科技期刊"奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6314