在生物系统的建模中,许多数学方法得到了广泛的使用,如确定型的方法、随机型的方法及离散或基于规则的方法等.然而,单一层次的模型或方法不足以刻画复杂的生物系统.鉴于此,本文介绍了两种多尺度建模的方法:一种是连续型的随机方法,即常微分方程组和随机微分方程组相耦合的多尺度建模;另一种是连续一离散混合方法,即将偏微分方程和基于agent的模型相结合的多尺度系统建模.我们接着介绍了这些建模方法在系统生物学中的应用,并且展望了进一步的工作.