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简析分子对接模拟中雌激素受体的柔性
  • ISSN号:0254-6108
  • 期刊名称:《环境化学》
  • 时间:0
  • 分类:Q579.13[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]污染控制与资源化国家重点实验室,南京大学环境学院,南京,210093
  • 相关基金:国家自然科学基金(20507008) 国家自然科学基金重点项目(20737001); 国家重点基础研究发展计划(2003CB415002)资助
中文摘要:

根据刚性雌激素受体模型的原位和交叉对接的情况,探讨了配体诱导的受体结构差异或晶体本身的缺陷,导致模拟产生偏差的原因;总结了受体结构和残基位置对模拟的影响,并由此提出部分柔性多重受体构象(PFMRC)对接体系,考虑受体的部分柔性以达到同时提高对接精度和速率的目的.

英文摘要:

The estrogenic effect of diverse pollutants in the environment have aroused more and more concerns.The docking processes of pollutants with estrogen receptors can be simulated through the fast and economic modeling methods of molecular docking procedures.Current researches have proved that the protein receptors change with the induction of the small molecule ligands.Therefore,the flexibility of receptor has become the key of the docking simulation.In this article,based on the situations of in-site and cross docking,the changes of receptor conformations induced by the ligands or the defects resulted from the crystals have all been explored to explain the deviation of simulations.The influence of diverse receptor conformation and residue position in the docking simulations was summerized.The Partial Flexibility Multiple Receptor Conformation(PFMRC) docking system was established to improve both the accuracy and efficiency of docking simulations.

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期刊信息
  • 《环境化学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生态环境研究中心
  • 主编:郭良宏
  • 地址:北京2871信箱
  • 邮编:100085
  • 邮箱:hjhx@rcees.ac.cn
  • 电话:010-62923569
  • 国际标准刊号:ISSN:0254-6108
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1844/X
  • 邮发代号:82-394
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:27127