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一种Tiling Array信号识别流程的并行优化
  • ISSN号:1001-3695
  • 期刊名称:计算机应用研究
  • 时间:0
  • 页码:1666-1669
  • 语言:中文
  • 分类:TP312[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京100080, [2]中国科学院研究生院,北京100080
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(60673064);国家科学技术部资助项目(2005DKA64002)
  • 相关项目:特征信息发现的并行算法及实现研究
中文摘要:

针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思路。最后,根据公共数据Affymetrix(2005) Tiling Array,展示SW并行流程的运行性能。实验结果表明,信号识别流程的并行化对大规模的数据运算非常有效且十分必要。

英文摘要:

This paper focused on an effective signal identification algorithm,sliding window(SW),promoted parallel method on the basis of serial realization in which it was embedded and completed an optimal parallel program using MPI(message passing interface),which was a brand-new thought in the gene chip field.A conclusion was drawn from the result testing on the public Affymetrix Tiling Array data that parallel processing is necessary and has good effect on signal identification pipeline.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编:刘营
  • 地址:成都市成科西路3号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:arocmag@163.com
  • 电话:028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-3695
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:60049