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基于递归特征消除法的蛋白质能量热点预测
  • ISSN号:1672-3961
  • 期刊名称:山东大学学报(工学版)
  • 时间:2013.6.1
  • 页码:-
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]同济大学计算机科学与技术系,上海201804
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(61173118);上海市教委曙光计划资助项目(09SG23);中央高校基本科研业务费专项资助项目(0800219157).
  • 相关项目:基于结构的蛋白质相互作用能量热点预测技术研究
中文摘要:

基于蛋白质相互作用能量热点的特性,定义了残基接触数、溶剂可及性面积相对变化量所占比例等18个新特征。分别使用基于支持向量机(support vector machine,SVM)和基于 F - Score 的递归特征消除法进行特征选择,提出对应的预测模型 SVM - RFE 和 F - Score - RFE 用于蛋白质能量热点的预测。实验结果显示,在独立测试中 F - Score - RFE 模型的 F1比当前预测性能最好的方法提高6.25%,表明所定义的新特征对蛋白质能量热点的识别具有较大的贡献。

英文摘要:

18 new features such as residue contact number and the proportion of relative change of accessible surface area et al. were derived based on the analysis of protein-protein interaction energy hot spots. Two recursion feature elimina-tion methods were used to select discriminative feature subsets and two corresponding prediction models were proposed, noted as SVM - RFE and F - Score - RFE. The experimental results showed that the prediction model F - Score - RFE could improve 6. 25% in the value of F1 compared with the best existing method on the same independent test dataset, which indicated that new features defined were significant to improve the performance of prediction.

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期刊信息
  • 《山东大学学报:工学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:山东大学
  • 主编:李术才
  • 地址:山东济南市经十路17923号
  • 邮编:250061
  • 邮箱:xbgxb@sdu.edu.cn
  • 电话:0531-88396452
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-3961
  • 国内统一刊号:ISSN:37-1391/T
  • 邮发代号:24-221
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6258