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蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发
  • ISSN号:1001-0629
  • 期刊名称:《草业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S551.9[农业科学—作物学] Q946-33[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]扬州大学动物科学与技术学院扬州大学草业科学研究所,江苏扬州225009, [2]上海鼎牛饲料有限公司,上海200436
  • 相关基金:国家863计划项目“高产、多抗、优质苜蓿新品种分子聚合育种”(2008AA102149);国家自然科学基金项目“豆科模式植物蒺藜苜蓿种子产量相关性状的比较基因组学研究”(30671486)
中文摘要:

利用蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)EST数据库开发新的EST—SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6688个SSR序列,分布于6512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST—SSRs的34.4%(2301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1982条).4~6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Primer Premier5.0随机设计100对EST—SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST—SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。

英文摘要:

New EST-SSRs markers by EST database of Medicago truncatula were developed and the distribution characteristic of EST-SSRs was analyzed. 6 688 of 285 285 EST sequences of M. truncatula from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) were detected by SSRIT software, which accounted for 2.28%. Among them, 2 301 dinucleotide repeat elements, accounting for 34.4%, had the highest frequency and followed by 1 982 trinucleotide repeats, which accounted for 29. 6% of the total EST-SSRs. The ratio of four to six nucleotide repeat elements was comparatively lower. Selecting 100 primer pairs randomly, 85 primer pairs showed clear amplification belts, accounting for 85% of designed primers and 29 primer pairs showed polymorphisms, accounting for 34.1% of primers available. Besides, 85 new M. truncatula EST-SSR markers have been developed.

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期刊信息
  • 《草业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国草学会 兰州大学草地农业科技学院
  • 主编:侯扶江
  • 地址:兰州市城关区嘉峪关西路768号(兰州市61号信箱)
  • 邮编:730020
  • 邮箱:cykx@lzu.edu.cn
  • 电话:0931-8912486
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-0629
  • 国内统一刊号:ISSN:62-1069/S
  • 邮发代号:54-51
  • 获奖情况:
  • 全国畜牧兽医优秀期刊一等奖,全国优秀农业期刊二等奖,中国精品科技期刊,甘肃省优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:25244