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重组E.coli解旋酶Ⅱ(UvrD)的DNA结合及解螺旋功能分析
  • ISSN号:1007-7626
  • 期刊名称:《中国生物化学与分子生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]沈阳农业大学食品科学与工程学院,沈阳110161, [2]中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台,北京100101
  • 相关基金:国家自然科学基金资助(No.30500097)
中文摘要:

E.coli解旋酶Ⅱ(UvrD)是一种在甲基定向错配修复(methyl-directed mismatchrepair,MMR)和核苷酸切除修复(nucleotide excisionrepair,NER)中起重要作用的3′→5′解旋酶.本研究对大肠杆菌的UvrD进行了重组表达和纯化,并检测其ATP酶比活性(87U/mg).利用表面等离子共振(surface plasmon resonance,SPR)方法实时检测了UvrD与同源双链DNA分子(homoduplex DNA)和异源双链DNA分子(heteroduplex DNA)结合的动态过程以及镁离子对此过程的影响.结果显示,UvrD与DNA的平衡解离常数在10^-7mol/L水平.DNA分子中错配碱基的存在,在一定程度上影响了二者的结合,而镁离子不是两者结合的必要因素.本研究还利用原子力显微镜(atomic force microscopy,AFM)方法在单分子水平上观察到UvrD将双链DNA解链形成单链DNA的中间体.此研究得到的UvrD与DNA结合的动力学信息数据以及解螺旋中间体的单分子可视化,为进一步深入研究UvrD在修复过程中的作用机制奠定了基础.

英文摘要:

E. coli helicase Ⅱ(UvrD), which is classified as a 3′ to 5′ helicase, plays essential roles in methyl-directed mismatch repair (MMR) and nucleotide excision repair (NER). In this report, recombinant UvrD was expressed and purified, and its ATPase specific catalytic activity was determined to be 87 U/mg, The kinetics and affinity of UvrD interactions with homo-duplex DNA and hetero-duplex DNA were also investigated using surface plasmon resonance (SPR) technology. The equilibrium dissociation constants of UvrD and DNA were evaluated to be in the 10^-7 mol/L range. Unwound DNA intermediate following UvrD treatments were observed by atomic force microscopy (AFM) at the level of single-molecule resolution. The results have shown that mismatched base pairs could affect the binding of UvrD to DNA, and Mg^2+ was not necessary for this process. Our results have provided valuable information that will help further investigations of the molecular mechanism(s) in UvrD-mediated mismatch repair process.

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期刊信息
  • 《中国生物化学与分子生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国生物化学与分子生物学会 北京大学
  • 主编:周春燕
  • 地址:北京市学院路38号北京大学医学部
  • 邮编:100083
  • 邮箱:shxb@bjmu.edu.cn
  • 电话:010-82801416
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-7626
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3870/Q
  • 邮发代号:82-312
  • 获奖情况:
  • 被美国《CA》列入世界引用频次最高的《千种表》
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:9731