位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
基于近似熵的伪氨基酸组成预测蛋白质亚核定位
  • ISSN号:1000-6737
  • 期刊名称:《生物物理学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]东华大学信息科学与技术学院,上海201620, [2]数字化纺织服装技术教育部工程研究中心,上海201620
  • 相关基金:国家自然科学基金重点项目(60534020),国家自然科学基金(60775052),上海市国际科技合作基金项目(061307041),教育部高等学校博士点专项基金(20060255006)
中文摘要:

了解真核细胞中细胞核内蛋白质的定位情况对于新发现蛋白质的功能注释具有重要意义。随着蛋白质数据库中蛋白质序列数量的急速增加,采用计算方法来预测蛋白质亚核定位已经成为蛋白质科学领域研究的热点。根据Chou提出的伪氨基酸组成离散模型,提出了一种新的蛋白质亚核定位预测方法。计算蛋白质序列的近似熵作为附加特征构建伪氨基酸组成,表示蛋白质序列特征,AdaBoost分类算法作为预测工具。与已报道的亚核定位预测方法的性能相比,这种方法具有更高的准确率。

英文摘要:

The knowledge of protein subnuclear locations in eukaryotic cell provides strongly help for annotation of protein function. The gap between the number of known function proteins and the number of known sequence in protein databank is increasing rapidly. Prediction of protein subnuclear locations becomes an important research hot point in protein science. A novel approach based on pseudo amino acid composition (PseAA) was proposed to predict protein subnuclear localization. According to the concept of PseAA originally introduced by Chou, a novel pseudo amino acid (PseAA) composition based on the concept of approximate entropy (ApEn) was pressented. The AdaBoost classifier was used as prediction engine. The quite encouraging obtained results indicate that the current approach is effective and might become potential tools in this area and other protein attributes .

同期刊论文项目
期刊论文 211 会议论文 55 获奖 7 专利 37 著作 6
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《生物物理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国生物物理学会
  • 主编:沈恂
  • 地址:北京朝阳区大屯路15号生物物理研究所内
  • 邮编:100101
  • 邮箱:acta@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888458
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6737
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1992/Q
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 二次获得中国科协优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:7189