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松墨天牛幼虫cDNA文库的构建及EST分析
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:基因组学与应用生物学
  • 时间:2014
  • 页码:113-120
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]华南农业大学林学院,广州510642
  • 相关基金:国家自然科学基金(31170612)资助
  • 相关项目:氯胺磷、吡虫啉和溴氰菊酯胁迫下松墨天牛分子响应的比较研究
中文摘要:

松墨天牛(Monlchamus alternatus Hope)是林业重大害虫。本研究运用SMART技术构建了松墨天牛幼虫cDNA文库,库容量为1.09×10^6,文库滴度为5.45×10^6 pfu/mL,重组率为97.8%,平均插入片段大小约为1 000 bp,构建的文库质量较好。随机选取1 022个克隆进行测序,获得了1 012条表达序列标签(ESTs),序列在GenBank中登录号为JZ143720~JZ144731。EST序列经过聚类拼接得到411条非重复单一序列,其中216条序列有功能注释。在216条有功能注释的序列中,有181条(83.80%)参与"分子功能",122条(56.48%)参与"细胞成分",168条参与"分子生物学过程"(77.78%)。研究结果为克隆和分析松墨天牛新的功能基因奠定了基础。

英文摘要:

Monochamus alternatus(M.alternatus) Hope is a serious pest management concern in stands of pines.In this study,a cDNA library of the M.alternatus larva was constructed by SMART(switching mechanish at 5' end of RNA transcript) technology.The results showed that the numbers of depent clones of first was 1.09 ×10^6,the titer was 5.45×10^6pfu/mL,the recombination rate was 97.8%,and the average size of inserted cDNA fragments was about 1 000 bp.A total of 1 012 expressed sequence tags(ESTs)(GenBank accession No.:JZ143720~JZ144731)were generated successfully after sequencing,and 411 unique expressed sequences were obtained after cluster analysis.Among the 411 unique expressed sequences,216 ESTs could be functionally annotated,of which 181 ESTs(83.80%) participate in the"molecular function",122 ESTs(56.48%) participate in the"cellular component",and168 ESTs(77.78%) participate in"biological process".This study may benefit for the further research on the molecular biology of M.alternatus,and lay a foundation for cloning and analyzing the functions of M.alternatus genes.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299