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水稻SBP基因家族的生物信息学分析(英文)
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:2011
  • 页码:82-87+92
  • 分类:Q518.2[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]重庆大学生物工程学院,重庆400044, [2]北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心,北京100089
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30771463 31000911); 重庆市攻关项目(CSTC 2009AB5174))
  • 相关项目:果实成熟特异转录因子MADS1的功能研究
中文摘要:

SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE(SBP)转录因子家族是植物特有的一类转录因子。本文确定了20水稻基因组上编码的SBP基因。通过分类,染色体定位,保守区确定,亲缘关系,以及水稻SBP家族中的重复基因及该家族成员形成蛋白二聚体的可能性进行分析,其次利用了Affymetrix水稻基因组芯片数据,对所有这些基因的表达谱进行了分析。结果表明,水稻SBP基因在花和种子的发育过程中可能发挥重要作用,而其对环境胁迫却不敏感。这对进一步研究SBP的功能提供了有价值的线索和思路。

英文摘要:

The SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN–LIKE (SBP) proteins compose a family of transcriptional regulators present exclusively in plants.In this study,we identified 20 SBP-box transcription factor-encoding genes in the rice (Oryza sativa) genome.An analysis of a complete set of SBP-box proteins in rice is presented,including classification,chromosomal location,conserved motifs,and phylogenetic relationship.Relative expression of all these genes has been analyzed by using Affymetrix rice genome array?.The results reveal specific expression of SBP-box protein encoding-genes during floral transition as well as panicle and seed development.No SBP-box transcription factor-encoding genes in rice displayed differential expression patterns in rice seedlings in response to abiotic stress.This information will be important for functional characterization of SBP transcription factors in rice.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292