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山羊溶酶体α-AMA基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析
  • ISSN号:0366-6964
  • 期刊名称:《畜牧兽医学报》
  • 时间:0
  • 分类:S852.23[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]西北农林科技大学动物医学院,杨凌712100
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30871902); 陕西省科技攻关项目(2008k02-06-2)
中文摘要:

本研究旨在对山羊溶酶体α-甘露糖苷酶(α-AMA)基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛α-AMA基因序列设计引物,采用PCR技术克隆山羊α-AMA基因序列,并利用荧光定量RT-PCR进行组织表达谱分析以及进行生物信息学预测。首次获得了山羊α-AMA基因,含有完整CDS编码区3 000bp,编码999个氨基酸,其中前50个氨基酸为信号肽序列。其编码区的核苷酸序列和预测氨基酸序列与牛的α-AMA相似性最高,分别为95.93%和94.79%。组织表达谱分析表明α-AMA在山羊各组织均不同程度的表达,其中在肺脏、肝脏、小脑表达量较高。生物信息学预测发现,α-AMA蛋白属于糖苷水解酶38家族成员,有2个保守的结构域,存在9个N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模山羊α-AMA具有良好的可信度。本研究为探讨酶的作用机理及疯草解毒剂的研制提供了理论依据。

英文摘要:

Goat lysosomal α-AMA gene was amplified using RT-PCR and the tissue specific expression profile,bioinformatics characteristic of α-AMA were studied.Primers were designed based on the sequence of bovine lysosomal α-AMA gene and were used in amplifying the goat α-AMA,the tissue specific expression profile was analyzed by qRT-PCR,and the bioinformatics analysis of α-AMA was conducted.The results showed that CDS sequence of goat α-AMA was 3 000 bp,encoding a deduced protein containing 999 amino acid residues in which the first 50 residues were signal peptide,and this nucleotide sequence of CDS and the deduced amino acids shared 95.93% and 94.79% homology with the α-AMA mRNA of cattle.The qRT-PCR revealed that the α-AMA gene was expressed in various tissues at different levels.The expression level of this gene was higher in the lung,liver,and cerebellum.It was predicted that α-AMA was belonged to Glycosyl hydrolases family 38,and composed of two conserved domains.There were thirty-five phosphorylation sites,one phosphorylation site of specific protein kinase and nine N-glycosylation sites in α-AMA protein.By SWISS-MODEL homologous modeling,the predicted structure of goat was similar to the template and predictive.These results provide the theoretic basis for the mechanism research of α-AMA and development of toxin antidote toward locoweed.

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期刊信息
  • 《畜牧兽医学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国畜牧兽医学会
  • 主编:文杰
  • 地址:北京海淀区圆明园西路2号中国农科院畜牧所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:xmsyxb@263.net
  • 电话:010-62815987 62816996
  • 国际标准刊号:ISSN:0366-6964
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1985/S
  • 邮发代号:82-453
  • 获奖情况:
  • 1992年北京优秀期刊奖,1998年、2000年在全国畜牧兽医优秀期刊评比中获一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21857