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基于智能检测的DNA序列载体片段清除工具
  • ISSN号:1000-5471
  • 期刊名称:《西南师范大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP319[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]中国人民解放军后勤工程学院,重庆401311
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号70871118)
中文摘要:

针对传统DNA载体检测和清除工具的不足,实现一种基于智能检测的DNA载体检测新工具.该工具的核心思想是无需预先给定克隆载体序列模版、剪接位点和克隆适配片段等信息,通过建立从载体出现概率到序列权重的映射,把载体片段的检测转化为求给定序列中具有最大权重的k个不重叠相交的子序列问题,并且引入了罚函数控制避免对载体序列的过度清除.实验结果表明该工具能显著提高载体清除的效率和准确性,在超长序列处理的时候更稳定、错误率更低.

英文摘要:

A novel tool for DNA vector detection and removal merging intelligent detection is proposed.This approach can automatically find and locate vector segments using the concept of mapping from vector segments detection to the discovery of k maximal scoring non-intersecting sub-segment sets without extra background information such as vector sequence,splice site and clone adapter.Moreover,the utilization of maximum complexity-penalty function can control the sensitivity of vector detection and avoid over trimming.Experiments show that this approach can significantly improve the efficiency and accuracy of vector removal and provide more stable performance than conventional methods do,particularly in high-throughput DNA sequence processing.

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期刊信息
  • 《西南师范大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:西南大学
  • 主编:李明
  • 地址:重庆市北碚区天生路2号
  • 邮编:400715
  • 邮箱:xhtang@swu.cn
  • 电话:023-68252540
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5471
  • 国内统一刊号:ISSN:50-1045/N
  • 邮发代号:78-22
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学报,重庆市十佳科技期刊,重庆市一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:17791