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电子基因表达谱分析平台的建立及其应用
  • ISSN号:1008-973X
  • 期刊名称:《浙江大学学报:工学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP317[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] TP319[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]浙江大学病理学与病理生理学系,浙江杭州310031, [2]浙江大学计算机科学与工程学系,浙江杭州310027
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30371605,30370636).
中文摘要:

建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了入正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利用自行开发的GetUni程序包,与下载于本地的人类同一基因转录予(UniGene)数据库匹配,获得了含有4196个非冗余基因的正常结直肠组织电子基因表达谱.经在线基因组分析工具(Webgestalt)证实,表达谱中97%的基因在结直肠组织中表达,除涉及细胞生长、发育、分化、凋亡等基因外,还包括人正常结直肠功能特异性基因;3%未得到Webgestalt证实的基因经手工回溯查找,确证其EST均来自人正常结直肠.GetUni程序包是一个高效准确的高通量电子EST数据分析平台,构建的人正常结直肠组织基因表达谱将为结直肠特异性标志物的筛选提供大量数据.

英文摘要:

A bioinformatic analysis platform for specific expression profiles based on expressed sequence tag (EST) database (dbEST) of National Center for Bioteehnology Information (NCBI) was constructed. Based on the platform, a human normal colorectal expression profile was obtained. 20 370 normal colorectal ESTs were downloaded from the dbEST and an expression profile including 4 196 non-redundant genes was obtained via an in-house software package. 97% of all the genes in the expression profile were confirmed to be expressed in human normal colorectum by WEB-based gene set analysis toolkit (Webgestalt) analysis. The profile contains growth, development, proliferation and apoptosis related genes and specific functional genes of colorectum . The remaining 3% genes were also confirmed to be expressed in normal colorectum by manual search in dbEST. Therefore the GetUni software package is a reliable and powerful method for specific gene expression profiles based on electronic EST analysis. The expression profile of colorectum here will be of great significance in highlighting the colorectum specific molecular markers.

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期刊信息
  • 《浙江大学学报:工学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:浙江大学
  • 主编:岑可法
  • 地址:杭州市浙大路38号
  • 邮编:310027
  • 邮箱:xbgkb@zju.edu.cn
  • 电话:0571-87952273
  • 国际标准刊号:ISSN:1008-973X
  • 国内统一刊号:ISSN:33-1245/T
  • 邮发代号:32-40
  • 获奖情况:
  • 2000年获浙江省科技期刊质量评比二等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:21198