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实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒基因型检测中的应用
  • ISSN号:1001-9448
  • 期刊名称:《广东医学》
  • 时间:0
  • 分类:R446.61[医药卫生—诊断学;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]广东省广州市第八人民医院传染病研究所,510060
  • 相关基金:广东省医学科研基金资助项目(编号:A2009550); 广州市医药卫生科技重点项目(编号:2007-ZDi-03)
中文摘要:

目的探讨实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因型检测中的应用价值。方法采用一步法逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)结合TaqMan技术,对HCV基因型进行实时荧光PCR检测;巢式RT-PCR扩增HCV的NS5B基因区域,测序后进行HCV基因亚型分析并与实时荧光PCR分型结果进行比较。结果实时荧光PCR共分型119例,1型71例(59.7%),非1型48例(40.3%)其中110例成功进行测序分型;测序分型的110例中,1型73例(均为1b型),占66.4%,非1型37例(其中2a型7例、3a型6例、3b型3例、4a型1例、4k型1例、5a型1例、6a型17例、6n型1例),占33.6%。与110例测序分型的结果比较,实时荧光PCR分型总的符合率为71.8%(79/110),其中1型的符合率为80.9%(55/68),非1型的符合率为57.1%(24/42)。结论实时荧光PCR进行HCV基因型检测操作简便、快速,但分型结果特异性不高。

英文摘要:

Objective To study the application of real-time fluorescent PCR in the detection of Hepatitis C Virus(HCV) genotypes.Methods Real-time fluorescent PCR with one step reverse transcription(RT) combining with TaqMan was performed to detect the HCV genotypes.And sequencing of NS5B gene was applied for comparison.Results Real-time fluorescent PCR genotyping was successfully performed in 110 of 119 cases of HCV,with 71 and 48 cases were genotype-1 and non-genotype-1,respectively.Genotype-1 and non-genotype-1 were revealed in 73 cases(66.4%,all were subtype 1b) and 37 cases(33.6%,7 cases were 2a,6 cases were 3a,3 cases were 3b,1 case was 4a,1 case was 4k,1 case was 5a,17 cases were 6a and 1 case was 6n),respectively.The total coincidence rates of genotype-1 and non-genotype-1 were 71.8%(79/110 and 80.9%(55/68),respectively.Conclusion Real-time fluorescent PCR is rapid and simple test for HCV genotyping,though without high specificity.

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期刊信息
  • 《广东医学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广东省卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:广东省医学学术交流中心
  • 主编:苏焕群
  • 地址:广州市惠福西路进步里2号之6
  • 邮编:510180
  • 邮箱:gdyx1963@163.com zhuangxw@126.com
  • 电话:020-81906074 81865066
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-9448
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1192/R
  • 邮发代号:46-66
  • 获奖情况:
  • 中国科技论文统计源期刊,美国《化学文摘》(CA)收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:70380