合作教育是培养应用型、创新型全面发展人才的一种有效教育模式。当前我国进入科技创新的关键时期,积极探索产学研合作教育,对我国高层次应用型创新性人才培养十分重要。通过对产学研合作教育的系统理论研究,结合南京农业大学与江苏省新天地生物肥料工程中心有限公司的产学研合作教育实践,对其培养高层次创新型人才的人才培养模式进行探讨和分析,思考产学研合作教育存在的问题和困难,提出相应的建议和对策。