动物胃肠道菌群组成对宿主健康和生产性能起到重要作用,对胃肠道菌群组成和多样性的全面认识对于动物健康养殖和畜牧发展至关重要。为更深层次地了解动物胃肠道菌群组成及其功能,需要对胃肠道菌群开展准确、快速、高通量的检测。研究就影响动物胃肠道菌群组成的因素以及一些分子生物学研究方法和生物信息分析方法在相关研究中的应用进行综述。