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硬骨鱼类干扰素调节因子4,8,9,10基因比较
  • ISSN号:1004-311X
  • 期刊名称:《生物技术》
  • 时间:0
  • 分类:S941[农业科学—水产养殖;农业科学—水产科学]
  • 作者机构:[1]长江大学动物科学学院,湖北荆州434020, [2]中国科学研究院无锡淡水渔业研究中心,农业部淡水鱼类遗传育种与养殖生物学重点开放实验室,江苏无锡214081
  • 相关基金:国家自然基金项目(“鱼类干扰素调节因子10的功能研究”,31101928);长江大学优秀青年教师科研基金项目(“鱼类IRF10功能研究”,eyq201305)资助
中文摘要:

目的:为了阐明硬骨鱼类IRF4、IRF8、IRF0和IRF10在进化上的保守及分化。方法:从Ensembl和NCBI数据库下载基因的DNA和蛋白序列,绘制基因框架图,利用Mega5.0构建系统进化树,采用DNAStar计算蛋白相似率,利用Pfam软件分析保守结构域。结果:IRF8和IRFIO是相当保守的。各种硬骨鱼类中IRF8和IRF10基本一致。不同物种IRF8蛋白相似性最高(60%-87%),其次为IRF10(49~78%)。但IRF9和IRF4分化较大。硬骨鱼类有1—2个IRF9基因,1—3个IRF4基因。不同物种IRF4蛋白相似率为54—88%,IRF0更低(35—71%)。此外,在硬骨鱼类IRF9和IRF4蛋白上还发现有多种结构域。结论:硬骨鱼类IRF8和IRFIO非常保守,不同物种均含有8个外显子和7个内含子,蛋白相似性分别达到60%-87%和49。78%。IRF4和IRF0分化更大,不同物种基因数量从1变化到3,蛋白相似率低。

英文摘要:

Objective:The conservation and diversification in evolution about IRF4, IRF8, IRF9 and IRF10 were elucidated in bony fishes. Method: Genomic and protein sequences were downloaded from the Ensembl and NCBI database, and then exon - intron structure, phylogenetic analyses, the identity of different protein and the conserved domains were studied. Result: IRF8 and IRF10 were conservative and quite comparable in all studied teleosts. IRF8 showed the highest identity between different teleosts (60% - 87% ), followed by IRFIO (49%-78% ). However, IRF4 and IRF9 diverged a lot. There had 1 -2 IRF9 genes and 1 -3 IRF4 genes. And the similarity of IRF4 between teleosts was 54 -88% while the identity between different IRF9 proteins was very low (35 -71% ). Foremore, several do-mains were found in the IRF9 and IRF4 proteins. Conclusion:IRF8 and IRF10 were relative conservative in teleosts, with eight exons and seven introns in genomic structure and 60-87% and 49 -78% identity in proteins. IRF4 and IRF9 were diverged in gene number, exon-intron structure and low protein identity.

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期刊信息
  • 《生物技术》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:黑龙江省科学院
  • 主办单位:黑龙江省科学院微生物研究所 黑龙江省微生物学会 黑龙江省生物工程学会
  • 主编:张介驰
  • 地址:哈尔滨市道里区兆麟街68号
  • 邮编:150010
  • 邮箱:swjszz@163.com
  • 电话:0451-84615121
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-311X
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1319/Q
  • 邮发代号:14-225
  • 获奖情况:
  • 中国生物学核心期刊,中国核心期刊(遴选)数据库...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:13503