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利用SNP标记高密度遗传图谱进行花生出仁率QTL定位
  • ISSN号:1007-9084
  • 期刊名称:《中国油料作物学报》
  • 时间:0
  • 分类:S565.203[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院油料作物研究所,农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室,湖北武汉430062, [2]全国农业技术推广服务中心,北京100125
  • 相关基金:国家自然科学基金(31301362;31471534;31271764);农作物种质资源保护项目(NB2010-2130135-28B)
中文摘要:

为进一步明确出仁率遗传基础,本研究以出仁率性状有显著差异的两亲本中花5号和ICGV 86699衍生的RIL群体为材料,以其表型数据结合栽培花生第一张基于SNP标记的高密度遗传图谱,采用Windows QTL Cartographer V.2.5软件的复合区间作图法,对3个单环境及联合环境下出仁率进行QTL定位,共检测到28个QTL。各QTL解释的表型变异为3.98%-13.77%,LOD值介于2.59-7.36之间,其中6个为贡献率大于10.0%的主效QTL。Meta-QTL分析鉴定出7个在不同环境下都能稳定表达的一致性QTL。其中一致性QTL cqSPA4b在3个单环境和联合环境中都能检测到,一致性QTL cq SPB6a在3个单环境中能检测到,且平均贡献率为11.86%。与前人的研究结果比较发现,cq SPA5b与另外两个不同群体鉴定出的A5染色体上出仁率QTL区间相似。本研究结果为出仁率QTL的精细定位及分子标记辅助育种奠定了良好基础。

英文摘要:

Shelling percentage is an important factor influencing the peanut yield. In order to dissect the genetic basis of shelling percentage, a RIL population was used from the cross of Zhonghua 5 and ICGV 86699, both of which have high and low shelling percentage respectively. By combining the phenotypic data with the first SNP-based high density genetic map in cultivated peanut, we identified 28 QTLs in the conditions of 3 single-environments and joint cross environments using the CIM (composite interval mapping) method of Windows QTL Cartographer V. 2.5. The QTLs individually explained 3.98–13.77% of the phenotypic variation with LOD value of 2.59-7.36. Six QTLs which explained more than 10.0% phenotypic variation were considered as major loci. Through meta-QTL analysis,we identified seven consensus QTLs which were stable in multivariate conditions. Consensus QTL of cqSPA4b was found occurring in four conditions, and consensus QTL of cqSPB6a was detectable in three conditions with the average explained phenotypic variation of 11.86%. To compare with former research results, cqSPA5b was also found to be identical to similar QTL region on A5 chromosome in other two different populations. The results of this study contributed to QTL fine mapping and marker assisted breeding of shelling percentage.

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期刊信息
  • 《中国油料作物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国农科院油料作物研究所
  • 主办单位:中国农业科学院油料作物研究所
  • 主编:廖伯寿
  • 地址:湖北省武汉市武昌徐东二路2号油料所内
  • 邮编:430062
  • 邮箱:ylxb@oilcrops.cn
  • 电话:027-86813823
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-9084
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1429/S
  • 邮发代号:38-13
  • 获奖情况:
  • 分别于2008年、2011年和2014年连续三届被评为中国...,是北京大学2004-2014年《中文核心期刊要目总览》...,2016年版《中国科技期刊引证报告(核心版)》公布...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:11301