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生化反应系统的二项矩和属性因子
  • ISSN号:1000-5862
  • 期刊名称:《江西师范大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:O242[理学—计算数学;理学—数学] Q332[生物学—遗传学]
  • 作者机构:中山大学数学与计算科学学院,广东广州510275
  • 相关基金:国家自然科学基金/重大研究计划/重点支持项目(91230204); 科技部973项目子课题(2014CB964703)资助项目
作者: 周天寿
中文摘要:

化学主方程对生化反应系统提供了一个建模框架,但它的分析与模拟一直是计算系统生物学的一个挑战.另一方面,矩封闭方法对化学主方程提供了一种逼近,但普通的矩当其阶趋于无穷时并不趋于0,因此具有局限性.这里,对概率密度函数引进二项矩,它具有2个突出的特点:1)当二项矩的阶充分大时二项矩趋于0;2)二项矩能够方便地用来重构相应的概率密度函数.基于二项矩,进一步引进反应物种的属性因子,它比普通的统计指标(如噪声强度、Fano因子)具有某些优势.此外,还给出了用二项矩来表示噪声强度和Fano因子的显式公式,并用简单的生物例子来说明二项矩的优势与3种统计指标的特征.

英文摘要:

Chemical master equations( CMEs) provide a framework for modeling of biochemical reaction systems,but its analysis and simulation are a challenge in computational systems biology. On the other hand,moment-closure methods provide approximations for CMEs but ordinary moments have shortcomings,e. g.,they do not tend to zero as their orders go to infinity. Binomial moments for a distribution are introduced,which have two remarkable features: 1) binomial moments tend to zero as their orders go to infinity; 2) they can be conveniently used to reconstruction of the corresponding distribution. Based on binomial moments,it further introduces the attribution factor of a reactive species,which has more advantages than common statistical indices such as noise intensity and Fano factor. In addition,it gives explicit formulae for calculating common statistical indices,and uses simple biological examples to show advantages of binomial moments and characteristics of three statistics.

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期刊信息
  • 《江西师范大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:江西师范大学
  • 主办单位:江西师范大学
  • 主编:
  • 地址:南昌市紫阳大道99号
  • 邮编:330022
  • 邮箱:lk8506184@126.com
  • 电话:0791-88506814
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5862
  • 国内统一刊号:ISSN:36-1092/N
  • 邮发代号:44-56
  • 获奖情况:
  • 2009年中国高等学校自然科学学报研究会颁发“全国...,2009年被评为:第四届华东地区优秀期刊奖”,2008年教育部科技司授予“第2届中国高校优秀科技...,2008年江西省新闻出版局授予“第3届江西省优秀期...,2004年教育部科技司授予“全国高校优秀科技期刊二...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),波兰哥白尼索引,德国数学文摘,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5205