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四球茶转录组SSR位点信息分析
  • ISSN号:1672-352X
  • 期刊名称:《安徽农业大学学报》
  • 分类:S571.1[农业科学—茶叶生产加工;农业科学—作物学]
  • 作者机构:贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵阳550001
  • 相关基金:国家自然科学基金地区项目(31460233)和贵州师范大学博士基金(11904/0514027)共同资助.
中文摘要:

对基于高通量测序拼接获得的99741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simplesequencerepeats)位点分析,共揭示了23732个SSR位点,分布于18552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%:含有SSR住点的Unigenes的总长度为226188bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07kb,重复长度平均长度为9.53bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%:在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。

英文摘要:

In this study, a total of 99 741 unigenes were de novo assembled based on the bud transcriptome se- quencing of Camellia tetracocca Zhang. Totally, 23 732 SSRs were detected in 18 552 unigenes, accounting for 23.79% of all the unigenes. The total length of unigenes containing SSR loci was 226 158 bp. The mean distance between SSRs was 1/2.07 kb and the mean length of the repeat motif was 9.53 bp. Di-nucleotide repeats were the most abundant followed by tri-nucleotide repeats, making up about 47.53% and 25.92% of the total SSRs, respec- tively. Among the 181 repeat motifs, AG/CT, A/T and ACC/GGT were the most frequent motifs in di-, mono- and tri-nucleotide repeats, accounted for 41.38%, 22.10% and 6.49%, respectively, and which totally accounted for 69.97% of the total SSRs. These results will provide abundant sequences for SSR markers development on Camellia tetracocca Chang.

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期刊信息
  • 《安徽农业大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:安徽省教育厅
  • 主办单位:安徽农业大学
  • 主编:程备久
  • 地址:合肥市长江西路130号
  • 邮编:230036
  • 邮箱:ahnydxxb@mail.hf.ah.cn
  • 电话:0551-65786465
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-352X
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1162/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 安徽省优秀科技期刊一等奖,全国优秀科技期刊三等奖,华东地区优秀期刊奖,全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖,安徽省优秀高校自然科学学报一等奖,全国高校优秀科技期刊一等奖,安徽省高等学校优秀学报一等奖,全国高校优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:13625