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结球甘蓝核基因组密码子使用偏爱性分析
  • ISSN号:0513-353X
  • 期刊名称:园艺学报
  • 时间:2013.10.10
  • 页码:1927-1934
  • 分类:S635.1[农业科学—蔬菜学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京100081, [2]中国农业科学院植物保护研究所,北京100193, [3]中国农业大学农学与生物技术学院,北京100193
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31071697);国家‘863’计划项目(2008AAl02105):国家大宗蔬菜产业技术体系项目(nyeytx-35-gw01);‘十二五’国家科技支撑计划项目(2012BAD02801);农业部园艺作物生物学与种质创制重点实验室项目
  • 相关项目:小菜蛾产卵行为对转Bt基因甘蓝抗虫持久性的影响
中文摘要:

根据甘蓝测序结果,利用CodonW软件对结球甘蓝的48000个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率,确定了TCT、CCT、AGA、GTT、GCT、GAT等6个高频密码子。将甘蓝与大肠杆菌、拟南芥、棉花、水稻的密码子使用频率进行了比较,发现甘蓝密码子使用偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、棉花基本一致,而与大肠杆菌及单子叶植物水稻均具有较大差异。以甘蓝密码子用法分析结果为依据,对Bt crylC抗虫基因进行了密码子的改造,得到了具有甘蓝密码子使用特点的crylC基因序列,为甘蓝的转基因研究奠定了分子基础。

英文摘要:

Forty-eight thousand coding DNA sequences of cabbage were used to analyze the relative frequency of synonymous codon (RFSC). Six high-frequency codons including TCT, CCT, AGA, GTT, GCT, and GAT were revealed by CodonW. When the frequency of codon usage of cabbage was compared to Escherichia coli, Arabidopsis thaliana, and Oryza sativa, we found that the codon preference was considerably different between cabbage and Escherichia coli, Oryza sativa, while the codon preference was identical between cabbage and Arabidopsis thaliana, Gossypium hirsutum. The codons of Bt crylC gene sequence have been reconstructed according to the results. The foreign gene containing the optimal codons of cabbage is helpful to researches involving cabbage transformation.

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期刊信息
  • 《园艺学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国园艺学会
  • 主编:杜永臣
  • 地址:北京市中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:ivfyyxb@mail.caas.net.cn
  • 电话:010-68919523
  • 国际标准刊号:ISSN:0513-353X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1924/S
  • 邮发代号:82-471
  • 获奖情况:
  • 第一届全国优秀期刊奖,中国科协第三届优秀期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:43371