针对生鲜农产品在流通环节供应链系统不协调、成员合作关系不稳定的问题,研究两部收费制下生鲜农产品三级供应链协调。首先采用迭代关系表示生鲜农产品新鲜度,构建由单个生产商、分销商、零售商组成的生鲜农产品三级供应链利润模型,分析两部收费制对生鲜农产品供应链的协调及对成员稳定合作的作用,最后通过数值算例验证模型结论。结果表明,两部收费制既能协调生鲜农产品三级供应链,消除双重边际效应,最大程度上获取消费者剩余,还能稳定供应链成员之间的合作关系,且对供应链系统而言,售价和新鲜度敏感系数均为0.5时取得最大利润。