以核糖体rDNA ITS为分子指标,采用RFLP及序列分析方法对南海海域Alexandrium catenella和Alexandrium tamarense进行分析和鉴定,并通过与日本海域不同海区A.catenella和A.tamarense的比较,得出A.catenella或A.tamarense的不地理株的种内个体间ITS区序列非常相似,两种间序列则有显著差异,表明了ITS区用于不同海区A.