引入数据包络法(data envelopment analysis,DEA)的Malmquist指数对高新技术产业开发区的运行效率进行评价,构建了研究高新技术产业开发区的Malmquist指数模型。运用建立的模型,测评了2007-2012年国家级高新技术开发区的技术进步、纯技术效率和规模效率三个指标。结果表明:2007-2012年,国家级高新区平均全要素水平达到效率前沿面,四大区域的平均全要素效率都呈现上升趋势,技术变化是提升全要素效率的重要途径,技术效率变化方面仍存在改善的空间。根据技术进步、纯技术效率和规模效率三个指标为变量对不同类型的开发区的全要素运行效率差异和特征进行聚类和分析,并提出高新开发区进一步发展的建议对策。