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西瓜DUS测试标准品种SSR指纹图谱构建及应用
  • ISSN号:1672-1810
  • 期刊名称:植物遗传资源学报
  • 时间:2013.6.20
  • 页码:892-899
  • 分类:S661.1[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]山东农业大学园艺科学与工程学院,泰安271018, [2]北京市农林科学院蔬菜研究中心/农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,北京100097, [3]新疆农业科学院农作物品种资源研究所,乌鲁木齐830000
  • 相关基金:基金项目:农业部产业体系项目(CARS-26);国家自然科学基金项目(31171980);科技部科技支撑项目(2012BAD02800);北京市自然科学基金项目(6122015);公益性行业(农业)专项经费项目(20090300812)
  • 相关项目:基于全基因组测序的西瓜核酸指纹鉴定技术与核心种质的构建
中文摘要:

采用代表最大限度西瓜遗传多样性的SSR核心引物组合,分析了西瓜DUS测试指南中24份西瓜标准品种的遗传多样性与核酸指纹。以基于重测序获得的SNP标记构建的17份西瓜材料的系统发育树为参照,对24份标准品种进行了遗传多样性分析,在遗传相似系数0.80处将24份标准品种分为3大类群,结果表明核酸指纹分类比传统形态学分类更为准确。采用二维(QR)编码构建了西瓜24份标准品种的SSR指纹图谱,并利用本技术以保护品种京欣2号与对照品种京欣1号为例,进行了DUS分子鉴定测试,共扩增32个SSR位点,京欣1号和京欣2号之间有4个位点存在差异,品种间遗传相似系数为0.89,比形态学鉴定的差异位点更多。本研究建立的西瓜DUS标准品种SSR指纹图谱与分子检测技术,可以应用到西瓜品种DUS分子检测实践,同时也为西瓜品种纯度与真实性鉴定及遗传背景分析提供了技术依据。

英文摘要:

A core set of SSR markers which represent the maximize watermelon genetic diversity was used to analyze the genetic diversity of 24 example varieties in watermelon DUS testing, then the SSR fingerprint database of these varieties was constructed. Based on the SNP-based dendrogram for the 17 resequencing lines, we evaluated the genetic relationship among these varieties, and they were classified into 3 groups at the similarity coefficient of 0. 80, this marker-based clustering showed more accurate than the traditional morphological clustering. Using two- dimensional (QR) code, the SSR fingerprint database of 24 example varieties was constructed. The utility of this detection system in DUS molecular test was analyzed using a PVP varieties Jingxin No. 2 and its control Jingxin No. 1, there were 4 polymorphic alleles among 32 alleles and their similarity coefficient was 0.89. It showed more polymorphic alleles and more accurate than morphological identification. The SSR fingerprint database of example varieties and molecular detection system used in this study could be applied in DUS molecular test of watermelon. Moreover, they would provide a basis for genetic purity, genetic background screening, and authenticity fast evalua- tion of watermelon.

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期刊信息
  • 《植物遗传资源学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院作物科学研究所 中国农学会
  • 主编:刘旭
  • 地址:北京中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zwyczyxb2003@163.com/sina.com/caas.cn
  • 电话:010-82105794 82105795
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-1810
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4996/S
  • 邮发代号:82-643
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:10278