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甘薯SPF1转录因子的生物信息学分析
  • ISSN号:1000-4440
  • 期刊名称:《江苏农业学报》
  • 时间:0
  • 分类:S531[农业科学—作物学]
  • 作者机构:江苏省徐州市农业科学院, 江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室
  • 相关基金:徐州市农业科学院科研基金项目(2015005)
中文摘要:

WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因。借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测。结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,分别带有CX4CX22HXH和CX4CX23HXH锌指结构,分别形成4个和5个β-折叠片。SPF1和甘薯祖先种Ipomoea trifida WRKY结构域均具有非常保守的WRKYG(Q/K)K氨基酸序列,并且C端WRKY结构域的保守性比N端WRKY结构域的低。系统进化树分析结果显示,蛋白N端和C端的WRKY结构域分属2个不同的分支。蛋白结构预测结果显示,SPF1 WRKY结构区(204445 aa)处于蛋白三维结构的内侧,形成非亲水性靶标DNA结合区。SPF1作为转录因子,在调控细胞核基因表达的同时,其蛋白N端序列具有叶绿体定位功能。推测SPF1可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控。

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期刊信息
  • 《江苏农业学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:江苏省农业科学院
  • 主办单位:江苏省农业科学院
  • 主编:严少华
  • 地址:南京市孝陵卫省农科院经信所
  • 邮编:210014
  • 邮箱:jsnyxb@163.com
  • 电话:025-84390285
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-4440
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1213/S
  • 邮发代号:28-113
  • 获奖情况:
  • 全国优秀科技期刊,江苏省优秀科技期刊,中国中文核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,2008年获“江苏省质量评估”一级期刊20069年获...
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:15981