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胃癌转移相关miRNA的筛选及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-7431
  • 期刊名称:肿瘤
  • 时间:2014.6
  • 页码:507-513-
  • 分类:R735.2[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]深圳大学医学院病理教研室,深圳天然小分子创新药物工程实验室,深圳市肿瘤转化医学重点实验室,广东深圳518060, [2]深圳大学医学院临床医学系,广东深圳518060, [3]深圳市第六人民医院南山医院放射科,广东深圳518060, [4]北京大学深圳研究生院化学基因组学重点实验室,广东深圳518060
  • 相关基金:1.国家自然科学基金面上项目(编号:81172282)2.深圳市海外高层次人才创新创业专项资金项目(编号KQCX20130621101141669)3.深圳市科技研发资金国家和省计划配套项目(编号G1JHS20120621142654087)4,深圳市战略新兴产业发展专项资金项目(编号ZDSY20130329101130496)
  • 相关项目:人胃癌中microRNA-192和-215的靶基因及功能研究
中文摘要:

目的:筛选与胃癌转移相关的微小RNA(microRNA,miRNA,miR),并进行生物信息学分析。方法:应用miRNA芯片对胃癌低转移细胞株(RF-1和MI(N28)和高转移细胞株(RF-48、NCI—N87和勋打oIII)进行miIWA差异表达谱分析,筛选差异表达的miRNA;应用实时荧光定量-PCR法对差异表达的miR-192、miR-215和miR-194进行验证,应用miRfocus在线数据库对筛选获得的miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215进行靶基因预测及其信号转导通路进行分析。结果:与低转移细胞株比较,高转移细胞株中miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215的表达水平明显上调,miR-105、miR-767、miR-149、miR-205、miR-30a、miR-30d、miR-365、miR-193b、miR-326、miR-100、miR-30b、miR-125b和miR-584的表达水平明显下调。实时荧光定量-PCR法对miR-192、miR-215和miR-194的表达进行验证,结果显示与miRNA芯片检测结果-致;生物信息学分析结果显示,miR-192、miR.193a、miR-194和miR-215及其靶基因参与肿瘤的发生、转移、细胞周期及范可尼贫血等通路。结论:胃癌高转移细胞中miR-192、miR-193a、miR-194和miR-215的上调可能与胃癌的发生和转移等有关。

英文摘要:

Objective: To screen the microRNA (miRNA, miR) associated with metastasis of gastric cancer and to analyze its bioinformation. Methods: The differentially expressed miRNAs in gastric cancer cell lines with low metastatic potentials (RF-1 and MKN28) or high metastatic potentials (RF-48, NCI-N87 and KATO III) were analyzed and screened by miRNA microarrays. The differentially expressed miR-1 92, miR-21 5 and miR-194 were verified by real-time fluorescence quantitative-PCR. The targets prediction of miR-192, miR-193a, miR-194, miR-215 and signal pathway analysis were performed via miRfocus database. Results: As compared with the cells with low metastatic potentials, the expression levels of miR-192, miR-193a, miR-194 and miR-215 were up-regulated and the expression levels of miR-105, miR-767, miR-149, miR-205, miR-3Oa, miR-3Od, miR-365, miR-193b, miR-326, miR-lO0, miR-3Ob, miR-125b and miR-584 were down-regulated in highly metastatic cells. Up-regualtions of miR-192, miR-194 and miR-215 were validated by real-time fluorescence quantitative-PCR and the results were consistent with those of microRNA microarray. Bioinformatic analysis, functions of targets of miR-1 92, miR-193a, miR-194 and miR-215 were focused on the miRNA in cancer, pathway in cancer, cell cycle and Fanconi anemia pathway, etc. Conclusion= miR-192, miR-193a, miR-194 and miR-215 are overexpressed in highly metastatic gastric cancer cells, and they may be related to the progression and metastasis of gastric cancer.

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期刊信息
  • 《肿瘤》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:上海市肿瘤研究所
  • 主编:高玉堂
  • 地址:上海斜土路2200弄25号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:tumorsci@yahoo.com.cn
  • 电话:021-64436792
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7431
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1372/R
  • 邮发代号:4-289
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊,中国科技论文统计源核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:19202