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PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件
  • ISSN号:1000-3282
  • 期刊名称:《生物化学与生物物理进展》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]国防科技大学机电工程与自动化学院自动控制系,长沙410073, [2]蛋白质组学国家重点实验室、北京蛋白质组研究中心、军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京102206
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划(973)资助项H(2006CB910803,2006CB910706),国家高技术研究发展计划(863)资助项目(2006AA02A312),国家科技重大专项(2008ZX10002-016,2009ZX09301-002),国家自然科学基金(30621063,30800200)和蛋白质组学国家重点实验室课题(SKLP-Y200811)资助项目.
中文摘要:

Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.

英文摘要:

PNmerger (a biological Pathway and protein Network merger) is a java based plugin for the widely used open source Cytoscape molecular interaction viewer. For a protein interaction network, PNmerger can automatically annotate the network proteins with the KEGG pathway information, fred the known pathway elements in protein network, and predict the possible pathway elements. To present the pathway information for the protein network, PNmerger illustrates the clusters of the nodes with the same biological pathway, and also presents the potential crosstalk elements between different pathways. This information will be helpful for the users to find the important clues for knowledge discovery and experimental design. PNmerger is available online at http://www.hupo.org. cn/PNmerger.

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期刊论文 96 会议论文 34 获奖 10 著作 4
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期刊信息
  • 《生物化学与生物物理进展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生物物理研究所 中国生物物理学会
  • 主编:王大成
  • 地址:北京市朝阳区大屯路15号
  • 邮编:100101
  • 邮箱:prog@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888459
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3282
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2161/Q
  • 邮发代号:2-816
  • 获奖情况:
  • 1999年中国期刊奖提名奖,2000年中国科学院优秀期刊特别奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,美国科学引文索引(扩展库),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18821