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致病性大肠杆菌UPECCFT073全基因组分析及致病机制的新认识
  • ISSN号:1000-6737
  • 期刊名称:《生物物理学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]北京大学工学院生物医学工程系,理论生物学中心,北京100871
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30770499,10721403)
中文摘要:

尿道致病性大肠杆菌UPECCFT073菌株furopathogenic Escherichia coli CFT073)于2002年被完全测序并注释。但是,对其基因组的研究还很不完善,首先表现在基因组注释的系统性错误和滞后性。作者运用一系列生物信息学方法和工具,从编码蛋白质基因、编码RNA基因等角度对RefSeq数据库的基因组注释进行了系统的修正和增补,并在此基础上鉴别了一批新的候选致病因子基因。进一步的分析表明,得到的基因组注释对CFT073致病相关的一些重要调控关系和机制能够给出更准确、完整的描述。

英文摘要:

Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) strain CFT073 was sequenced with the complete genome and published in 2002. However, the state-of-the-art genomic studies on CFT073 are not yet satisfactory, largely due to the systematic errors and being outdated with the current gene annotation in public database. In this paper, the authors carried out a systematic re-annotation by combining a series of bioinformatics tools and manual efforts to provide a comprehensive understanding of virulence for the CFT073 genome. The re-annotation results in corrections, modifications and supplements to both protein-coding genes and RNA-coding genes. Based on the re-annotation, a group of new virulence factor candidates was listed. Further analysis demonstrated that the present work may facilitate an accurate and comprehensive depiction of virulence mechanisms of the CFT073 strain.

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期刊信息
  • 《生物物理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国生物物理学会
  • 主编:沈恂
  • 地址:北京朝阳区大屯路15号生物物理研究所内
  • 邮编:100101
  • 邮箱:acta@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888458
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6737
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1992/Q
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 二次获得中国科协优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:7189