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ClusterViz:集成于Cytoscape的聚类可视化插件
  • ISSN号:1672-7207
  • 期刊名称:《中南大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q518.2[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金(61003124);教育部博士点专项基金(新教师基金)(20090162120073);中南大学自由探索计划资助(201012200124);湖南省研究生科研创新项目(CX20098040).
中文摘要:

生物网络中的聚类分析是功能模块识别及蛋白质功能预测的重要方法,聚类结果的可视化对于快速有效地分析生物网络结构也具有重要作用。通过分析生物网络显示和分析平台Cytoscape的架构,设计了一个使用方便的聚类分析和显示插件ClusterViz。这是一个可扩展的聚类算法的集成平台,可以不断增加其中的聚类算法,并对不同算法的结果进行比较分析,目前已实现了三种典型的算法实例。该插件能够成为蛋白质相互作用网络机理研究的一个有效工具。

英文摘要:

Clustering of biological networks is one of the most important approaches for identifying functional modules and predicting protein functions while visualization of clustering results is also important to uncover the structure of biological networks. In this paper, by analyzing the software framework of Cytoscape, which is a biological visualization and analysis platform, a convenient ClusterViz -called plugin for clustering analysis and visualization has been developed. It is designed as a scalable integrating platform for various clustering algorithms that can be gradually added. And the results of different algorithms can be compared for further analysis as well. At present there have been three typical kinds of clustering algorithm instances implemented. This plugin can be of great help in the research of mechanism of the protein interaction network.

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期刊信息
  • 《中南大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:中南大学
  • 主编:黄伯云
  • 地址:湖南长沙中南大学校本部
  • 邮编:410083
  • 邮箱:zngdxb@csu.edu.cn
  • 电话:0731-88879765
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-7207
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1426/N
  • 邮发代号:42-19
  • 获奖情况:
  • 首届全国优秀科技期刊评比一等奖,第二届全国优秀科技期刊评比一等奖,首届中国有色金属工业优秀科技期刊评比一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:20874