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基因组重组问题的一个更快算法
  • ISSN号:1001-9847
  • 期刊名称:《应用数学》
  • 时间:0
  • 分类:TP301[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]山东大学数学与系统科学学院,山东济南250100, [2]中国科学院软件所,北京100080, [3]烟台大学数学与信息科学系,山东烟台264005
  • 相关基金:Foundation item: Supported by the NSFC( 10271065,60373025)
中文摘要:

寻找一个基因组(源基因组)转化成另一个基因组(目标基因组)所需最少数目移位和翻转的问题,称为基因组重组问题.此问题的“瓶颈”在于寻找源基因组的一个最优“联接”;若源基因组和目标基因组是“共尾”的,Hannenhalli和Pevzner给出一个O(n^2)算法得到源基因组的一个最优“联接”,本文将此算法复杂性将低到O(n),其中n为基因组中所含基因的个数.从而由Eric.T和Marie—France的结果得到求“共尾”标号基因组间重组序列的一个O(n √logn)算法.

英文摘要:

The genomic sorting problem is to find a minimum length sequence of rearrangements (reversals or translocations) by which source genome can be transformed into target genome. In this paper,we give a linear-time algorithm to get an optimal concatenate of the source genome when the source genome and the target genome are co-tailed which improves the O(n^2) algorithm of Hannenhalli and Pevzner , so with a result of [5] we can compute the optimal genomic sequence between two co-railed genomes in O(n^3/2 √logn).

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期刊信息
  • 《应用数学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:华中科技大学
  • 主编:李大潜
  • 地址:武汉珞喻路1037号华中科技大学逸夫科技大楼南楼902室
  • 邮编:430074
  • 邮箱:yysx_hust@163.com
  • 电话:027-87543831
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-9847
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1184/O1
  • 邮发代号:38-61
  • 获奖情况:
  • 中国科学引文数据库来源期刊,中国学术期刊综合评价数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国数学评论(网络版),德国数学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:4139