籽粒的大小和形状是影响水稻产量和稻米品质的主要性状.在基因GS3序列分析的基础上,对该基因第2外显子A/C和第5外显子13bp Indel的2个变异位点分别开发功能标记,并将其用于294份水稻微核心种质和2007-2013年江苏省审定的65份粳稻品种的基因型鉴定.研究结果表明,第2外显子的A/C变异在籼粳亚种中有着相似的分布频率,并且都对粒长、粒厚和长宽比有极显著的影响.相对于基因型C而言,基因型A在籼粳亚种中都有更长的粒长、更薄的粒厚和更大的长宽比.但是第5外显子的13bp缺失变异只在粳稻中极低频率(0.74%)出现,属于稀有变异类型,比13bp插入变异有着更短的粒长和更小的长宽比.这些研究结果为水稻产量和品质育种中充分利用基因GS3的优异等位基因奠定了基础.