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ABEEM/MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究
  • ISSN号:0251-0790
  • 期刊名称:高等学校化学学报
  • 时间:0
  • 页码:585-590
  • 语言:中文
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学化学化工学院,大连116029, [2]锦州师范高等专科学校化学系,锦州121000
  • 相关基金:国家自然科学基金(批准号:20633050,20403007)资助.
  • 相关项目:生物分子水溶液体系中非共价相互作用的理论研究-探讨其分子识别机理及质子和能量传递过程
中文摘要:

运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6—31G^*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist—angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素C552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象.

英文摘要:

Applying the developed parameters, the heme prosthetic group was simulated by the ABEEM/MM method. The results show that these simulations can reproduce better X-ray structures than CHARMM method. The distorted ruffing conformational energies obtained from the ABEEM/MM method agree well with those by B3LYP/6-31G^* method. The linear correlation coefficient R is over 0.98. The investigations show that the twist-angles have important effects on the ruffing conformational energies. The accurate charge for Cytochrome c552 from ABEEM/MM method can be used to investigate better the polarization effects than those from CHARMM method.

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期刊信息
  • 《高等学校化学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:吉林大学 南开大学
  • 主编:周其凤
  • 地址:吉林大学南胡校区
  • 邮编:130012
  • 邮箱:cjcu@jlu.edu.cn
  • 电话:0431-88499216
  • 国际标准刊号:ISSN:0251-0790
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1131/O6
  • 邮发代号:12-40
  • 获奖情况:
  • 首届及第二届国家期刊奖,连续两届“百种中国杰出学术期刊”,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:50676