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龙眼miR171家族进化特性及其表达分析
  • ISSN号:1000-4025
  • 期刊名称:《西北植物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学] S667.2[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州350002
  • 相关基金:福建省自然科学基金杰出青年项目(2015J06004);国家自然科学基金(31672127,31572088);福建省重大专项(2015NZ0002-1);福建省新世纪人才项目(20151104);福建农林大学“杰出青年科研人才”培养专项基金(xjq201405)
中文摘要:

为了解龙眼miR171家族的进化特性及其功能,该研究以龙眼mRNA和miRNA数据库中获得的miR171家族7个前体序列(pre-miRNA)和9条成熟体序列为基础进行生物信息学预测和表达分析。mfold预测显示,pre-miR171家族成员均能形成典型二级结构,其最小折叠自由能(dG)介于-39.37~-55.13kal/mol,且家族成员中除pre-miR171-scaffold112和pre-miR171f-scaffold38外,其他成员包含的成熟序列与vvi-miR171a、ptc-miR171f以及ctr-miR171等成熟体完全匹配。NJ进化树分析发现,龙眼pre-miR171家族与柑橘、毛果杨具有较高相似性。psRNAtarget靶标预测显示,龙眼miR171家族的主要靶标为Scarecrow-like6,与其他植物的miR171靶标相同。实时荧光定量PCR分析表明,pre-miR171家族成员均在龙眼雄花中表达提高,而在果实中表达量降低。研究认为,龙眼miR171家族在进化过程中具有高度保守性,在龙眼生长发育过程中主要参与雄花形成。

英文摘要:

Seven precursors(pre-miRNAs)and seven mature sequence of the miR171family were obtained for analyzing the evolutionary characterization and its expression fromDimocarpus longanLour.(longan)mRNA and miRNA databases.The prediction results using mfold showed that the sequence of premiR171family members could form a typical secondary structure,and the minimum folding free energy(dG)in the range of-39.37to-55.13kal/mol.Other members of the mature sequence matched exactly with vvimiR171a,ptc-miR171f and ctr-miR171except pre-miR171-scaffold112and pre-miR171f-scaffold38.NJ phylogenetic tree analysis showed higher sequence homology with that fromCitrus reticulataandPopulus trichocarpa.Target prediction showed that the main target of longan miR171family wereScarecrowlike6,which was the same as miR171target of other plants.qPCR results indicated that premiR171family were strong expressed in the male flower and low in the fruit.It was suggested that the miR171family was highly conserved during the evolution and might play important roles in the development of male flowers in longan.

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期刊信息
  • 《西北植物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:西北农林科技大学 陕西省植物学会
  • 主编:赵忠
  • 地址:陕西杨陵邰城路3号西北农林科技大学
  • 邮编:712100
  • 邮箱:xbzwxb@vip.163.com
  • 电话:029-87082936
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-4025
  • 国内统一刊号:ISSN:61-1091/Q
  • 邮发代号:52-73
  • 获奖情况:
  • 全国优秀期刊,中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:46104