位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
利用传递不平衡分析在多群体中鉴别猪脐疝易感基因
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 分类:S634.303.4[农业科学—蔬菜学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]江西农业大学、动物生物技术国家重点实验室培育基地,南昌330045, [2]福建农业职业技术学院,福州350119, [3]井冈山大学生命科学学院,吉安343009
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:31272422),教育部新世纪优秀人才计划项目(编号:教技函[2012]80),国家科技支撑项目(编号:2011BAD28801)和江西省现代农业产业技术体系建设专项资金(编号:JXARS-03)资助;致谢:本文脐疝样本的采集得到江西正邦集团辖属种猪场、广西农垦永新畜牧有限公司良圻原种猪场、广西杨翔农牧有限公司、广东华农温氏畜牧股份有限公司、河南正阳诸美原种猪场、海南罗牛山种猪育种有限公司、安徽长风农牧科技有限公司、福建省永诚华多种猪有限公司、山东省日照原种猪场等全国15个原种猪场的大力支持,在此一并感谢!
中文摘要:

在本实验室前期利用白色杜洛克×二花脸F2资源家系开展脐疝易感位点全基因组扫描定位的基础上,文章在7号染色体上的SWR1928和10号染色体上的SW830易感标记区域,结合脐疝发病机制在多群体中进行脐疝位置功能候选基因的筛选和易感位点的精细定位。在两个显著关联的微卫星位点区域搜寻到12个位置功能候选基因,采用比较测序法,选取12个候选基因内共计40个SNP位点在白色杜洛克×二花脸资源家系F2/F3脐疝群体中进行基因分型,利用Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制和传递不平衡(Transmission dise-quilibrium test,TDT)分析。结果表明,IL16(Interleukin 16)基因中的g.708C〉T位点和CDC73(Cell division cycle 73)基因中的 g.10664G〉A 位点与脐疝的关联性达到显著水平(P〈0.05)。对这两个位点在西方商业猪种脐疝患病家系中进行基因分型和TDT验证分析,发现CDC73基因中的g.10664G〉A位点仍与猪脐疝呈显著关联(P〈0.05)。同时对 CDC73基因中与资源家系脐疝呈弱相关的两个 SNP位点 g.10546A〉G和 g.10811A〉G在西方商业猪种中进行 TDT 验证分析,发现这两个 SNP 位点与商业猪种脐疝发生的关联性达到极显著水平(P〈0.01)。根据文章的分析结果,结合脐疝发生的生理机制及CDC73基因的生物学功能,推测CDC73基因可能为猪脐疝发生的易感基因。

英文摘要:

A genome-wide scan for pig umbilical hernia (UH) was performed in a White Duroc × Erhualian resource population reported by our previously study, which detected two susceptibility microsatellite markers (SWR1928 on SSC7 and SW830 on SSC10) significantly affecting pig UH. Herein, fine mapping studies and identification of sus-ceptibility genes for UH were performed in two different populations. A total of 40 SNPs in 12 positional candidate genes located on the two significant segments were genotyped in the F2/F3 resource population. Quality control of the genotype data and transmission disequilibrium test (TDT) were conducted using Plink v1.07 software. The results showed thatg.708G〉A inIL16 (interleukin 16) gene andg.10664G〉A inCDC73(cell division cycle 73) gene were significantly associated with pig UH. These two prominent SNPs and another two weakly associated SNPs g.10546A〉G andg.10811A〉GinCDC73 were also undergone the replication TDT test in the outbred commercial popula-tions. All SNPs in theCDC73 gene were confirmed to be significantly associated with pig UH (P〈0.05), including g. 10546A〉G andg.10811A〉Gwith extreme significant level (P〈0.01). Based on these results,CDC73 should be a susceptibility gene for pig UH according to its biological functions and the molecular pathogenesis of UH.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270