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白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:Q939.124[生物学—微生物学] Q518.3[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]农业部油料作物生物学重点开放实验室,中国农业科学院油料作物研究所,湖北武汉430062, [2]南阳师范学院生命科学与技术学院,河南南阳473061
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(2006CB101606),农业部油料作物生物学重点开放实验室开放课题(200703),国家自然科学基金(30671119).
中文摘要:

利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,185,911条EST 序列,使用Crosmatch、RepeatMasker、Phrap、CAP3、EMBOSS、Blast、EST-pipeline、ORF finder、Interproscan、blast2go、IdentiCS等软件,基于Linux 操作系统,进行了综合及分类分析.共获得289,892条UniEST序列,通过以上对EST序列信息的基因注释信息,筛选出与油脂代谢相关的基因信息,并以此为基础构建了油料作物油脂代谢途径比较结构图.本研究为油料作物油脂代谢相关基因数据库的构建和不同油料作物油脂代谢异同的比较打下基础.

英文摘要:

This is the first report of a systematic study of genes expressed by means of expressed sequence tag (EST) analysis in oil crops. A total of 1,185,911 EST sequences were thus obtained from GenBank. Cluster analysis enabled the identification of contigs and singletons which resulted as 289,892 UniEST sequences. Putative functions were assigned to about average 60.6% of these non - iedundant UniESTs. From this gene function annotation resources, we screened the genes which are related to the oil synthesis metabol- ic pathway, and constructed the compared metabolic pathway network of these eight oil crops. This EST information exploration work reconstructed the potential metabolic network from public EST sequences resource, carried out visualization and exploration of highly complex genomic level metabolic networks, and can accelerate the use of EST data for studying and comparing the difference of seed oil content between this common oil crops.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270