文章基于R&D投入产出效率和产出结构两个视角,选择1995~2011年全国按执行部门划分的R&D投入产出面板数据进行实证研究,结果表明:我国自主创新政策总体实施效果良好,从产出效率来看,不同部门存在发展不均衡的特点,企业R&D投入对产出的促进作用最高;从产出结构来看,政策对高校专利申请量及企业发明专利申请量的推动效果更显著。