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犬瘟热病毒AH株全基因组序列测定及其分子特征

ISSN号：1674-6422
期刊名称：《中国动物传染病学报》
时间：0
分类：S852.659.5[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
作者机构：[1]中国农业科学院上海兽医研究所,上海200241, [2]西北农林科技大学动物医学院,杨凌712100, [3]甘肃农业大学动物医学院,兰州730070, [4]安徽农业大学动物科技学院,合肥230036
相关基金：国家自然科学基金项目（31270194,31502068）;上海市科技兴农重点攻关项目（2016043）;上海市科委创新项目（13391901602）;公益性农业科研专项（201303046）;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（2016JB01,1101848）

作者：刘柱[1,2], 李丹丹[1,2], 李琦[1,3], 宫晓华[1,4], 缪秋红[1], 李传峰[1], 陈宗艳[1], 张淼涛[2], 刘光清[1]

关键词：犬瘟热病毒, 全基因组, 序列分析, Canine distemper virus, complete genome, sequence analysis

中文摘要：

本研究对犬瘟热病毒（Canine distemper virus,CDV）安徽分离株（CDV-AH株）的全基因组序列进行了测定和分析。根据GenBank上已发表的部分CDV基因组全长序列设计了8对特异性引物,RT-PCR方法分段扩增出CDV-AH株的全基因组序列。采用DNAStar软件和MEGA软件对CDV-AH株与其他CDV毒株的基因序列进行了比对和分析,并绘制系统进化树。结果显示,CDV-AH株全长15 690 bp,编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L）,与CDV-PS株核苷酸序列同源性最高,为98.8%,而与CDV-1以及Onderstepoort等疫苗株的序列同源性较低,为92.1%。CDV-AH株在保守区域出现15处氨基酸突变,这些突变对其所编码蛋白结构和功能的影响需要进一步研究。基于H基因序列的系统进化分析表明,CDV-AH株与其他CDV野毒株共同形成一个拓扑群,属于亚洲Ⅰ型。

英文摘要：

The complete genome of Canine distemper virus （CDV） strain AH isolated from Anhui province was subcoloned and sequenced in the present study. Total 8 pairs of specific primers were designed according to the CDV reference for amplification of the complete genome of CDV-AH strain in RT-PCR. Subsequently, the DNAStar software and MEGA software were used to compare and analyze the gene sequences of CDV-AH strain with reference strains. The results showed that total length of CDV-AH was 15 690 bp encoding 6 structural proteins （N P, M, F, H and L）. The CDV-AH strain had 98.8% nucleotide sequence homology with CDV-PS strain and 92.1% with CDV-1 and Onderstepoort vaccine strains. The analysis of amino acid sequences showed 15 amino acid mutations in the conserved region of CDV-AH and the effect of these mutations on the protein structure and function need to be further studied. In addition, phylogenetic analysis of the CDV-AH strain and reference strains was carried out based on the H gene sequence. The results showed that the CDV-AH strain and other CDV wild strains together came from a topological group belonging to the Asian I type.

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