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Theoretical Study of the Intramolecular Proton Transfer in the Tautomers of Cytosine Assisted by Water
  • ISSN号:1001-604X
  • 期刊名称:《中国化学:英文版》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学计算机与信息技术学院,辽宁大连116086
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(21133005,20703022)
中文摘要:

在集群与GPU组成的异构并行计算平台上,使用MPI+CUDA混合编程模型,实现基于ABEEMσπ模型的分子动力学模拟中电荷分布的计算。通过对电荷分布分布求解中的计算部分移植到GPU上进行,并针对算法中通信开销大和资源未充分利用的问题,通过异构平台的异步并发方法进行优化,提高了求解效率。性能测试结果表明,相比于单纯MPI并行算法,优化后GPU加速的异构并行算法,在化学大分子模型电荷分布计算上,有着明显的性能优势。

英文摘要:

The calculation of electric charge distribution in molecular dynamics simulations based on ABEEM(rlr model is implemented using hYbrid MPI + CUDA programming model on heterogeneous parallel computation platform constituted by clusters and GPUs. The solving efficiency has been improved by transplanting to GPU the computation part in solving the electric charge distribution and by optimising with asynchronous and concurrent approach on heterogeneous platform in light of the problems of excessive communication overhead as well as insufficient resource utilisation. The results of performance test shows that the optimised heterogeneous parallel algorithm using GPU boosting has manifest performance predominance in charge distribution calculation for chemical macromolecular model compared with pure MPI parallel algorithm

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期刊信息
  • 《中国化学:英文版》
  • 主管单位:
  • 主办单位:中国化学会
  • 主编:
  • 地址:上海市枫林路354号中科院上海有机化学研究所
  • 邮编:200032
  • 邮箱:
  • 电话:021-54925243
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-604X
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1547/O6
  • 邮发代号:4-646
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,英国英国皇家化学学会文摘
  • 被引量:175