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基于磷脂质类数据的早期卵巢癌特征提取研究
  • 期刊名称:传感技术学报
  • 时间:0
  • 页码:1369-1375
  • 语言:中文
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]杭州电子科技大学生物医学工程与仪器研究所,杭州310018, [2]南佛罗里达大学H.Lee Moffit癌症研究中心,坦帕FL33612
  • 相关基金:国家杰出青年基金资助(60788101); 国家自然科学基金资助(60801055和60801054); 浙江省自然科学基金资助(Z2090299); 浙江省大学生创新项目资助(ZX090702006); 浙江省研究生创新科研项目资助(YK2009005)
  • 相关项目:联合基因表达和临床信息的贝叶斯网络多源信息卵巢癌化疗反应预测模型研究
中文摘要:

卵巢癌是目前死亡率最高的妇科疾病之一,而如果得到早期诊断和治疗,卵巢癌患者的存活率可达90%。针对卵巢癌早期诊断问题,基于卵巢癌磷脂质类数据,提出了一种结合缠绕法和过滤法、按照诊断类别相关度挑选特征,然后依据特征标志物的分类率稳定度高低,提取用于诊断早期卵巢癌的特征子集的策略。该方法克服了分类率监督方法忽略生物相关性、依赖分类器易产生过拟合的不足,同时保持了较高的分类率。实验表明,该方法挑选的特征标志物包含更多的分类信息,其分类正确率达到88.9%,且比经典的分类率监督方法和差异表达方法在稳定性能上存在优势。此外,提出的新的标幺化方法去掉了批次差异,获得更好的分类效果,且所选的特征标志物得到生物学关联意义上的支持,具有较高的可信度和实用性。

英文摘要:

Ovarian Carcinoma(OvCa)is the most lethal type of gynecological cancer.However it is shown that about 90% patients could be saved if they were diagnosed and treated in the early stage.In this study,we propose a new strategy in which the biomarkers are identified in terms of their relevance to the clinical outcome and stability.Comparative study and statistical analysis show that the proposed method outperforms SVM-RFE and T-test methods in stability,which are the typical supervised classification and differential expression detection based feature selection methods,and achieves satisfying classification result(88.9%)as well.The reliability of the identified biomarkers is also biologically validated and supported by relevant biological research.

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