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GPC5基因在肺腺癌组织中差异表达和突变分析
  • ISSN号:1000-5404
  • 期刊名称:第三军医大学学报
  • 时间:2014.3
  • 页码:1153-1157
  • 分类:R181.23[医药卫生—流行病学;医药卫生—公共卫生与预防医学] R394.3[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]第三军医大学军事预防医学院军队流行病学教研室,重庆400038, [2]第三军医大学新桥医院胸外科,重庆400037, [3]第三军医大学新桥医院全军呼吸内科研究所,全军呼吸病研究重点实验室,重庆400037
  • 相关基金:国家自然科学基金面上项目(81171903);重庆市自然科学基金(CSTC2011BB5024)
  • 相关项目:GPC5候选基因在非吸烟人群肺癌发生中的作用
中文摘要:

目的 探讨GPC5基因在肺腺癌组织和正常肺组织中差异表达和突变情况。方法 通过基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)的两个数据集分析肿瘤组织和相匹配正常组织GPC5表达量,对GPC5基因表达差异进行分析。运用肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)公共数据库初步分析GPC5突变和拷贝数变异情况。运用实时定量PCR检测39例肺癌患者肿瘤组织和正常组织样本中GPC5基因的表达,对结果进一步验证。 结果 我们对GEO数据库中的两个数据集进行分析发现肺腺癌肿瘤组织中GPC5表达量明显低于配对的正常组织(P〈0.05);实时定量PCR检测结果证实了GPC5基因在肿瘤组织中的相对表达量均显著低于相匹配的正常组织(P〈0.01),而且与Ⅰ期肿瘤组织相比,Ⅱ期+Ⅲa期的肿瘤组织中GPC5表达水平明显较低(P〈0.05)。 结论 GPC5基因的拷贝数变异广泛存在,杂合子缺失可能是导致GPC5表达水平降低的原因。

英文摘要:

Objective To investigate the expression profiles of GPC5 gene in lung adenocarcinoma tumor tissue and corresponding normal tissue, and analyze its mutation. Methods The expression differences of GPC5 in tumor tissue and normal tissue of the 2 datasets downloaded from gene expression omnibus (GEO) were analyzed. The somatic mutations and copy number variation (CNV) of GPC5 gene was analyzed through the cancer genome atlas (TCGA). Real-time quantitative PCR was used to detect the expression of GPC5 gene in tumor tissue and matched normal tissue from 39 lung cancer patients for further verification. Results The expression level of GPC5 was significantly lower in the tumor tissue than in the matched normal tissue by analyzing 2 datasets from GEO (P〈0.05). The results of real-time quantitative PCR confirmed that the expression of GPC5 was significantly lower in the tumor tissue than in the matched normal tissue (P〈0.01), and the expression was significantly lower in tumor tissue of TNM stage Ⅱ to Ⅲa than the tumor at TNM stage Ⅰ (P〈0.05). Conclusion CNV of GPC5 gene is common in lung adenocarcinoma tissue. Heterozygosity loss may be the cause of reduced expression level of GPC5.

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期刊信息
  • 《第三军医大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:第三军医大学
  • 主办单位:第三军医大学
  • 主编:钱桂生
  • 地址:重庆市沙坪坝区高滩岩30号第三军医大学学报编辑部
  • 邮编:400038
  • 邮箱:aammt@mail.tmmu.com.cn
  • 电话:023- 68752187
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5404
  • 国内统一刊号:ISSN:50-1126/R
  • 邮发代号:78-91
  • 获奖情况:
  • 先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技...,2003年、2005年两度被评为"国家期刊奖百种重点科...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:47530