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原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析
  • ISSN号:1001-9626
  • 期刊名称:《生物数学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O29[理学—应用数学;理学—数学]
  • 作者机构:[1]南开大学数学科学学院与LPMC,天津300071
  • 相关基金:天津大学、南开大学联合研究项目;刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(10271061;90208022)资助
中文摘要:

基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题.

英文摘要:

ORF is the basis of gene identification and genome analysis.There are lots of software to predict ORF,however,the results and indicators are not same.In this article,we give a new algorithm MORF,which is base on terminator,and a theorem which proves the existence and uniqueness of po-MORF.We also compare the CDS with po-MORF in S.Coehcolor A3(2) genomes and discuss relative problem in gene identification.

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期刊信息
  • 《生物数学学报》
  • 北大核心期刊(2008版)
  • 主管单位:中国数学会
  • 主办单位:中国数学会生物数学学会
  • 主编:陈兰荪
  • 地址:辽宁省鞍山师范学院158号
  • 邮编:114007
  • 邮箱:smbjbm@tom.com
  • 电话:0412-2960893
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-9626
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1071/O1
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国数学评论(网络版),德国数学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版)
  • 被引量:5686