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菠菜性别相关EST-SSR标记的开发及应用
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:基因组学与应用生物学
  • 时间:2012.10.10
  • 页码:467-472
  • 分类:Q344.2[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]河南师范大学生命科学学院,新乡453007
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31000165); 河南师范大学校青年骨干教师项目共同资助
  • 相关项目:菠菜性染色体EST序列的快速克隆
中文摘要:

为了明确菠菜EST序列中SSR的总体特点,开发菠菜EST-SSR引物;为利用EST-SSR引物进行菠菜性别相关特异序列的克隆奠定基础,本文从NCBI上获得1093条EST,利用在线软件SSRIT检测所含SSR序列,并进行分析。共检索出68条SSR序列,分布于64条EST中,检出率为6.22%,包括22种重复基元。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0设计了7对EST-SSR引物,在适合的PCR反应体系下,分别以雌、雄菠菜DNA基因组为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,结果显示以EST序列HS097148设计的一对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带,表明通过菠菜EST-SSR引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。

英文摘要:

The objective of this study was to characterize spinach SSRs derived from ESTs and to develop EST-SSR markers for possible use of the markers in the studies of cloning sex-specific fragment from spinach (Spinacia oleracea L.). 1 093 ESTs of spinach were obtained from NCBI database, which were detected and analyzed by on-line software SSRIT. 68 SSR sequences were obtained, distributing throughout 64 ESTs. The frequency of these EST-SSRs was 6.22%, including 22 dominant type repeat unit. Among them, dinucleotide repeats was dominant, account for 32.3% of all SSR sequences. 7 pairs of EST-SSR primers were designed by on-line software Primer 3.0. The designed EST-SSR primers were screened with optimal PCR condition based on the male and female spinach genomic DNA as template respectively. Results showed that a pair of primer derived from ETS HS097148 could amplify a male specific band, indicating that a possible method to clone sex-specific fragment from spinach was established through developing EST-SSR marker from spinach EST database.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299